GVS, 단순 DNA 추출법 개발 및 칸디다혈증 진단

[산업일보]

칸디다 혈증 환자의 신속한 치료를 통해 이환율과 사망률을 줄이기 위해서는 핵산 추출을 기반으로 하며 기존의 혈액 내 칸디다 균 검출 방법보다 우수한 간편하고 신속한 분자 진단 방법의 개발이 요구된다.

진단 시간 단축을 위해서는 혈액 내 칸디다균으로부터 빠른 핵산 추출이 필요하다. 곰팡이 병원체의 검출을 위한 분자 진단 방법의 감도는 혈액 샘플에서 곰팡이 세포의 용해 효율과 PCR 억제제가 없는 DNA 정제에 달려 있다.

현재의 곰팡이 DNA 추출 프로토콜에는 효소적, 화학적 또는 물리적 파괴 단계, 유리를 사용한 비드 박동 또는 곰팡이 세포벽을 파괴하기 위한 세라믹 비드가 포함된다. 동물 세포나 바이러스의 핵산 추출과 달리 추가적인 세포벽 파괴 단계는 진균으로부터 빠른 핵산 추출을 어렵게 만든다.

5일 GVS에 따르면, 멀티플렉스 Candida Pan/internal control(IC) loop-mediated isothermal amplification(LAMP) assay와 Chelex-100을 사용해 20분 이내에 혈액 내 효모 DNA를 추출할 수 있는 간단한 DNA 추출 비등 프로토콜(여과)을 연구·개발했다.

해당 내용을 보면, 공정은 SEPARA® 튜브(GVS, Bologna, Italy)를 사용해 수행했다. DNA 추출을 위한 Chelex-100/boiling 방법은 Candida albicans qPCR을 사용하는 상용 QIAamp UCP Pathogen Mini Kit와 유사한 효율성을 보여줬다. 또한, Candida Pan/IC LAMP assay는 QIAamp UCP Pathogen Mini Kit와 Chelex-100/boiling 방법으로 추출한 임상 DNA 시료에 대해 일반 Candida Pan 및 종 qPCR에 비해 우수한 민감도를 나타냈다.

Candida Pan/IC LAMP 분석 후 Chelex-100/boilingmediated DNA 추출은 Candida에 감염된 임상 샘플에 대해 높은 민감도와 특이성을 보였다. Chelex-100/비등 방법을 최적화하기 위해 C. albicans 실시간 PCR 및 C. albicans에 대한 Candida Pan/IC LAMP 분석을 사용해 칸디다 세포를 스파이킹한 전혈 샘플에서 추출한 DNA로부터 다양한 농도의 Chelex 100 Resin 용액(0%, 5% 및 10%)을 테스트했다.

GVS의 이번 연구는 혈액 내 칸디다 종을 1시간 이내에 진단할 수 있는 Chelex100/boiling DNA 추출 및 Candida Pan/IC LAMP assay를 포함하는 빠른 칸디다혈증 검출 시스템을 개발했다는 점이다.

GVS 측은 이날 배포한 자료를 통해 'Candida 임상 샘플을 사용한 민감도 테스트에서 Candida Pan/IC LAMP 분석은 두 가지 기준 qPCR보다 우수한 성능을 보여줬다'라며 'Chelex-100/보일링 DNA 추출에 이은 Candida Pan/IC LAMP 분석은 Candida spp.에 대한 혈액에서 유용한 빠른 분자 진단 테스트 역할을 할 수 있다'라고 설명했다.

이번 연구 결과는 한마디로 Candida Pan/IC LAMP 분석이 칸디다혈증에 대한 신속한 분자 진단 검사로 사용될 수 있음을 시사한다고 볼 수 있다.